指依章程所訂宗旨任務涉及的目的事業性質而定，應受政府相關部門的指導監督。目的事業主管機關可能不只一個，如環保業務，以環保署為目的事業主管機關；衛生業務，以衛生福利部為目的事業主管機關；稅賦業務，以財政部為目的事業主管機關。
