依據勞動基準法第24條[1]（下稱勞基法），如果勞工在下班後有延長工時，也就是我們俗稱的「加班」情況，雇主當然應該依法定計算方式發給加班費，並且依勞基法第30條第6項可知[2]，公司的出勤紀錄必須詳細至「分鐘」單位，換言之，就勞工每一分鐘的加班，雇主都應該發給加班費。如果公司有規定加班以每15分鐘或每30分鐘為單位，甚至公告說不足單位時數的部分不屬於加班的情況，就高度可能涉有不法。
此外也特別提醒，對於雇主來說，並不是有如數發給加班費就一定都合法，依據勞基法第32條第1項規定[3]，雇主若有使勞工在正常工作時間以外工作之必要者，雇主應經「工會」同意，如沒有工會的話，則須經「勞資會議」同意後，才可以將工作時間延長。所以若公司因為業務需要有使勞工加班的可能，一定都要先經過工會或勞資會議的同意，否則不幸遇到主管機關勞動檢查時，仍然會有被裁罰的風險。
當然，依據個別勞動契約的內容，與民法第235條的債務人「應依債務本旨提出給付」規定[4]，所謂的「加班」一定是指勞工實際上有「真的提出勞務」，也就是必須真的有在工作，勞工如果只是下班後待在公司吃晚餐、上網聊天、處理私事，法律上當然就不能向公司請求給付加班費。
但縱使道理很淺顯易懂，實務上很常發生的爭議則是勞工晚上留在公司「到底有沒有在工作？」或「有沒有加班必要？」，如果勞資雙方有一定的信賴默契自然沒問題；但當勞資雙方發生爭議而有不同的認知，如勞工覺得自己在加班、雇主覺得只是勞工自己留下來做私事時，就會涉及「舉證責任」的問題。
過往依據民事訴訟法第277條[5]，法院多要求勞工必須就他加班時段真的有在工作具體舉證，此時勞工可能會拿出通訊軟體紀錄、電郵紀錄、工作日誌等進行舉證；但要求勞工每次加班都必須詳細具體舉證的難度非常高，對於資訊管理地位弱勢的勞工或許過於苛刻。
所以，2020年1月1日正式施行的勞動事件法，在其中第38條進行了舉證責任的法定轉換[6]，規定凡是出勤紀錄內記載的勞工出勤時間，也就是勞工的所有打卡時間，都先「推定」勞工於該時間內經雇主同意而執行職務，此時若雇主要答辯勞工沒有經過他同意加班，或是沒有真的提供勞務等等，則反而將要由雇主逐一進行舉證，這就是大家常說的「工時推定」。
在勞動事件法開始施行後，晚近實務上企業或雇主很常以「加班申請制」，也就是勞工需要事先申請，經過雇主或主管同意後方可加班的內部管理制度，作為勞工沒有申請加班，又或是沒有經過公司同意就隨意留下的證明方式，藉此舉證推翻前述的「工時推定」，希望法官或主管機關認定縱使勞工有打卡紀錄，也只是自己硬是不離開，實際上並不屬於加班。
但「加班申請制」真的可以直接作為舉證勞工完全沒有在加班的方式嗎？雖然可以遏止部分勞工惡意不實請領加班費的情況，但會不會因此受部分雇主濫用，反而架空勞動事件法的「工時推定」規範？在實務上就產生了爭議。
在勞工未經核准就自行留下來加班時，公司是否可以拒絕給付加班費？主管機關與行政法院較多認為，因勞工常屬弱勢之一方，難以期待以平等地位與雇主協商，若公司主管就勞工加班沒有在相當時間內制止或反對，就如同「默示同意」勞工加班確實在執行職務，並且有加班必要，雇主就必須給付加班費，不因公司採取加班申請制而有所不同[7]；但民事法院也有見解認為，為了企業人事管理必要，公司規定勞工加班應按一定程序申請，是合法的，若勞工未事先向公司申請加班並經同意，自己堅持要留在公司加班或處理私事，當然就不能向雇主請求給付加班費[8]。
在勞動事件法的工時推定實施後，對於勞工未經同意加班，又或是堅持留在公司處理私事的情況，實務上對於公司單純僅以「加班申請制」或「未經同意加班」作為抗辯，似乎越來越嚴格，理由無非是對於資訊蒐集與管理地位較優勢雇主課予較多的責任。有法院認為雇主仍然需要有其他事證證明勞工沒有真的在加班，才能夠拒絕給付加班費，例如勞工處理私事的電郵紀錄、主管確認勞工異常出勤的電郵或簽呈表單等[9]。
自上述內容可知，員工下班後硬是不離開，公司如果想拒絕給付加班費，最重要的是在於「舉證的準備」。在已有「加班申請制」的情況下，公司仍然應實質貫徹勞基法第30條第5、6項[10]規定的出勤紀錄備置義務，並且對於「沒有報加班，但打卡紀錄上有延長工時」的員工，則應該建置「異常出勤管制機制」，不論是以電子系統，或是由主管、人資進行人工管理，至少一個月要進行一次更正確認，限期請勞工具體說明沒離開公司是否在加班？如果是，處理了哪些業務等？相關更正往來都一定要留下明確的紀錄，以公平保障勞資雙方。
註腳
紀欣宜（2024），《下班時間回覆老闆訊息是否算加班？ 》。
紀欣宜（2022），《加班費如何計算？》。